按溶質在兩相分離過程的物理化學原理分類

  (1) 吸附色譜      用固體吸附劑作固定相，以不同極性溶劑作流動相，依據樣品中各組分在吸附劑上吸附性能的差別來實現分離。

  (2) 分配色譜   用載帶在固相基體上的固定液作固定相，以不同極性溶劑作流動相，依據樣品中各組分在固定液上分配性能的差別來實現分離。根據固定相和液體流動相相對極性的差別，又可分為正相分配色譜和反相分配色譜。當固定相的極性大于流動相的極性時，可稱為正相分配色譜或簡稱正相色譜( Normal Phase Chromatography);若固定相的極性小于流動相的極性時，可稱為反相分配色譜或簡稱反相色譜(Reversed Phase Chromatography)。

   (3) 離子色譜      用高效微粒離子交換劑作固定相，以具有一定pH值的緩沖溶液作流動相，依據離子型化合物中各離子組分與離子交換劑上表面帶電荷基團進行可逆性離子交換能力的差別而實現分離。

  (4) 體積排阻色譜        用化學惰性的多孔性凝膠作固定相，按固定相對樣品中各組分分子體積阻滯作用的差別來實現分離。以水溶液作流動相的體積排阻色譜法，稱為凝膠過濾色譜( Gel Filtration Chromatography);以有機溶劑作流動相的體積排阻色譜法，稱為凝膠滲透色譜法(Gel Permeation Chromatograhy)。

  (5) 親和色譜  以在不同基體上，鍵合多種不同特性的配位體作固定相，用具有不同pH值的緩沖溶液作流動相，依據生物分子(氨基酸、肽、蛋白質、核堿、核苷、核苷酸、核酸、酶等)與基體上鍵聯的配位體之間存在特異性親和作用能力的差別，而實現對具有生物活性的生物分子的分離。

按溶質在色譜柱洗脫的動力學過程分類

   (1) 洗脫法(又稱淋洗法)      如將含三組分的樣品注入色譜柱，流動相連續流過色譜柱，并攜帶樣品組分在柱內向前移動，經色譜分離后，樣品中不同組分依據與固定相和流動相相互作用的差別，而順序流出色譜柱。此法在液相色譜分析中獲得最廣泛的應用。

   (2) 前沿法(迎頭法)   如將含三個等量組分的樣品溶于流動相，組成混合物溶液，并連續注入色譜柱，由于溶質的不同組分與固定相的作用力不同，則與固定相作用最弱的第一個組分首先流出，其次是第二個組分與第一個組分混合流出，最后是與固定相作用最強的第三個組分與第二和第一個組分混合一起流出。此法僅第一個組分的純度較高，其它流出物皆為混合物，不能實現各個組分的完全分離，現已較少使用。

  (3) 置換法（頂替法） 當含三組組分的混合物樣品注入色譜柱以后，各組分皆與固定相有強作用力，若使用一般流動相無法將它們洗脫下來，為此可使用一種比樣品組分與固定相間作用力更強的置換劑(或稱頂替劑)作流動相，當它注入色譜柱后，可迫使滯留在柱上的各個組分，依其與固定相作用力的差別而依次洗脫下來，且各譜帶皆為各個組分的純品。置換法現已在大規模制備色譜中獲廣泛應用，在生物大分子純品制備中取得良好的效果。